เนื่องจากวัดมหาพุทธาราม เป็นวัดเก่าแก่ มีประวัติความเป็นมาหลากหลายทั้งที่เป็นตำนาน เป็นคำบอกเล่าสืบ ๆกันมา เป็นข้อสันนิษฐานของท่านผู้รู้ และประวัติที่เชื่อถือได้ ประการสำคัญ วัดมหาพุทธาราม เป็นวัดใหญ่มีอาณาบริเวณกว้างขวาง เป็นศูนย์รวมกิจการคณะสงฆ์จังหวัดตั้งแต่อดีตมาถึงปัจจุบัน บทบาทหน้าที่ของวัดจึงมีส่วนสำคัญต่อความเจริญงอกงามของคณะสงฆ์ และความมั่งคงสถาพรของพระพุทธศาสนา ตลอดถึงเป็นบุญสถานอันยั่งยืนของประชาชนพุทธบริษัททั้งหลาย ดังนั้นในการเขียนประวัติของวัด จึงแบ่งเป็น ๓ ตอน คือ ๑. วัดป่าแดง ๒. วัดพระโต และ ๓. วัดมหาพุทธาราม ดังนี้
ตอนที่ ๑ วัดป่าแดง
วัดมหาพุทธาราม เป็นวัดโบราณมีอายุเก่าแก่ เดิมทีเดียวชาวบ้าน เรียกชื่อว่า วัดป่าแดง ๆ จะสร้างขึ้นในสมัยใด ใครเป็นผู้สร้าง ยังไม่มีหลักฐานยืนยันแน่ชัด แต่จากการสันนิษฐานตามลักษณะการตั้งชุมชนพื้นที่และการแผ่ขยายอำนาจมายังดินแดนอีสานใต้ของนครจำปาสัก วัดป่าแดง น่าจะสร้างในสมัยเมืองศรีนครเขต และตรงกับสมัยเจ้าสร้อยศรีสมุทรพุทธางกูร เจ้าผู้ครองนครจำปาสัก ซึ่งในสมัยนั้น เจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็ก พระมหาสมณะยอดแก้ว (เทียบพระสังฆราช) แห่งนครจำปาศักดิ์ เป็นพระสงฆ์ที่ได้รับความเคารพศรัทธาอย่างยิ่งของเจ้าผู้ครองนครจำปาสัก พร้อมด้วยข้าราชบริพาร ตลอดจนประชาชนชาวเมืองจำปาสักและเมืองเวียงจันทน์ จนได้รับการตั้งสมญานามว่า “ญาครูขี้หอม”
สืบเนื่องมาจากเหตุการณ์ทางการเมืองทำให้อาณาจักรลาวแบ่งออกเป็น ๓ อาณาจักร คือ หลวงพระบาง เวียงจันทน์ และจำปาสัก ทางลาวใต้ มีนครจำปาศักดิ์ เป็นเมืองหลวง มีแม่หญิงชื่อเจ้านางแพง บุตรีนางเภากับเจ้าปางคำ เจ้าลาวฝ่ายเหนือ (นครเชียงรุ้ง) เป็นผู้ปกครอง แต่เนื่องจากแม่หญิงแพงเป็นสตรีจึงมอบอำนาจการปกครองให้เจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็ก เป็นผู้สำเร็จราชการแทน เจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็กพิจารณาเห็นว่า การบ้านการเมือง เป็นเรื่องของฆราวาส ไม่เหมาะสมแก่สมณวิสัย จึงให้บริวารไปอัญเชิญเจ้าองค์หล่อจากเมืองเวียงจันทน์มาเป็นเจ้าปกครองนครจำปาศักดิ์ มีพระนามว่า เจ้าสร้อยศรีสมุทรพุทธางกูร ส่วนเจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็ก (หรือญาครูขี้หอม) เมื่อส่งมอบหน้าที่ปกครองบ้านเมืองแก่เจ้าสร้อยศรีสมุทรพุทธางกูรแล้ว จึงจัดส่งศิษย์ที่มีความรู้ความสามารถอกไปครองและตั้งเมืองต่าง ๆ โดยให้ขึ้นตรงต่ออำนาจการปกครองของเมืองจำปาศักดิ์มาตั้งแต่บัดนั้น อาณาเขตจำปาศักดิ์จึงแผ่ครอบคลุมบริเวณพื้นที่อีสานตอนใต้ ได้แก่บริเวณจังหวัดอุบลราชธานี ศรีสะเกษ สุรินทร์ และบุรีรัมย์ ในปัจจุบัน
สำหรับศิษย์เอกที่เจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็กแห่งเมืองจำปาสัก ส่งออกไปหาที่สร้างบ้านแปลงเมืองที่ปรากฏตามหลักฐานมีหลายท่าน เช่น ๑) ให้จารย์ฮวด เป็นเจ้าเมืองสี่พันดอน (สีทันดร/สี่พันดร ก็เรียก) ๒) ให้ท้าวมั่น ไปครองเมืองสาละวัน ๓) ให้จารย์แก้ว ไปครองเมืองท่ง (กุลา) หรือเมืองสุวรรณภูมิ ๔) ให้จารย์เชียง ไปครองเมืองศรีนครเขต (ศรีสะเกษ)
ดังนั้น เมื่อวิเคราะห์ทางตำนานและหลักฐานประกอบ เช่น ตำนานพระอุรังคธาตุ ประวัติพระธาตุพนม ประวัติเมืองเขื่อนขันธ์กาบแก้
วบัวบาน (หนองบัวลำภู) ยุคพระตา พระวอ ประวัติการตั้งเมืองอุบลราชธานี และตำนานบ้านละทาย เมืองอินทเกษ และเมืองชีทวน เพื่อค้นหาร่องรอยบรรพบุรุษผู้สร้างวัดป่าแดง (วัดมหาพุทธาราม) จึงอนุมานได้ว่า เจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็ก พระมหาสมณะยอดแก้ว แห่งนครจำปาศักดิ์ เป็นพระมหาเถระผู้ทรงวิทยาคุณ เป็นหลักชัยแห่งพระพุทธศาสนา และประชาชนในยุคนั้น ต่างให้ความเคารพศรัทธาเป็นอย่างยิ่ง หลังจากส่งศิษย์ที่มีความรู้ความสามารถ โดยเฉพาะศิษย์ทั้งหลายเหล่านั้น ล้วนแต่ผ่านการบวชเรียนมาแล้ว ไปตั้งบ้านแปลงเมืองในที่ต่าง ๆ อาจเป็นไปได้ว่า เมื่อศิษย์เหล่านั้นมีอำนาจวาสนาบารมี สร้างบ้านสร้างเมืองเป็นปึกแผ่นดีแล้ว ก็ได้สร้างวัดประจำเมือง หรือประจำตระกูลขึ้น เช่น จารย์เชียง แห่งบ้านโนนสามขา ผู้ตั้งเมืองศรีนครเขต สร้างวัดป่าแดง (วัดมหาพุทธาราม) ตามคำบัญชาของเจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็ก ระหว่าง พ.ศ.๒๒๔๕-๒๒๖๓ แต่การสร้างวัดในยุคนั้น อาจเป็นวัดเล็ก ๆตั้งอยู่ท้ายเมือง ข้อที่น่าสังเกต ได้แก่บริเวณที่สร้างวัดเป็นป่าไม้แดง หรือไม่ก็สร้างให้เป็นวัดฝ่ายอรัญวาสี เน้นการปฏิบัติพระกัมมัฏฐานเป็นหลัก จึงได้ตั้งชื่อว่า “วัดป่าแดง” 
หลังจากเจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็กย่างเข้าสู่วัยชราภาพ ได้กลับไปตั้งหลักแหล่งในบั้นปลายชีวิต ณ เมืองจำปาศักดิ์ และถึงแก่มรณภาพ เมื่อวันขึ้น ๕ ค่ำ เดือน ๗ พ.ศ.๒๒๖๓ สิริอายุได้ ๙๐ ปี ๗๐ พรรษา อัฐิบางส่วนของท่านบรรจุอยู่ที่อูบโมงค์หรืออูบเจดีย์ นอกกำแพงแก้วองค์พระธาตุพนม ณ วัดพระธาตุพนม มาตราบเท่าทุกวันนี้ หลังการมรณภาพของเจ้าราชครูหลวงโพนสะเม็กแล้ว บรรดาศิษย์ทั้งหลายขาดพระอาจารย์ผู้เป็นเสาหลัก และเกิดเหตุการณ์วุ่นวายทางการเมืองทางนครจำปาศักดิ์ วัดป่าแดงขาดการอุปถัมภ์บำรุง พระสงฆ์ผู้มีความชำนาญด้านพระกัมมัฏฐานก็หายาก ในที่สุดวัดป่าแดงก็กลายเป็นวัดร้างภายในเวลาไม่ถึง ๑๐๐ ปี (ระหว่าง พ.ศ.๒๒๕๓-๒๓๒๘)
